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非小細胞肺癌融合基因檢測臨床實(shí)踐中國專(zhuān)家共識(2023版)
時(shí)間:2023-07-09 09:28:00 來(lái)源: 中華病理學(xué)雜志 點(diǎn)擊:
作者:中國抗癌協(xié)會(huì )腫瘤病理專(zhuān)業(yè)委員會(huì );中華醫學(xué)會(huì )腫瘤學(xué)分會(huì )肺癌專(zhuān)家委員會(huì );國家病理質(zhì)控中心
執筆人:李衛華(國家癌癥中心/國家腫瘤臨床醫學(xué)研究中心/中國醫學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫學(xué)院腫瘤醫院病理科,北京 100021);李子明(上海市胸科醫院上海交通大學(xué)附屬胸科醫院腫瘤科,上海 200030)
通信作者:應建明(國家癌癥中心/國家腫瘤臨床醫學(xué)研究中心/中國醫學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫學(xué)院腫瘤醫院病理科,北京 100021),Email:jmying@cicams.ac.cn;陸舜(上海市胸科醫院上海交通大學(xué)附屬胸科醫院腫瘤科,上海 200030),Email:shunlu@sjtu.edu.cn;梁智勇(中國醫學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫學(xué)院北京協(xié)和醫院病理科,北京100730),Email:liangzhiyong1220@yahoo.com
來(lái)源:中華病理學(xué)雜志, 2023,52(6) : 565-573.
DOI: 10.3760/cma.j.cn112151-20221111-00946
基因融合是非小細胞肺癌中一類(lèi)重要的分子變異。近十余年來(lái),針對融合基因的靶向治療進(jìn)展迅速,為特定融合基因陽(yáng)性患者帶來(lái)顯著(zhù)臨床獲益。然而,基因融合形成機制多樣,檢測方法眾多,不同方法各有優(yōu)缺點(diǎn),在臨床分子檢測中相對復雜。本文旨在從融合基因檢測的臨床意義、適用人群、常見(jiàn)融合基因的共性和特性、常用檢測方法優(yōu)缺點(diǎn)和檢測策略?xún)?yōu)化等多個(gè)角度出發(fā),基于國內外臨床檢測實(shí)踐,達成非小細胞肺癌融合基因檢測的中國專(zhuān)家共識,以規范融合基因的分子檢測,精準篩選適合特定靶向治療的患者人群。
融合基因是指兩個(gè)不同基因的部分或全部序列相連形成的新的混合基因,其編碼產(chǎn)生的融合蛋白能夠介導腫瘤的發(fā)生發(fā)展。在非小細胞肺癌(NSCLC)中,基因融合作為一類(lèi)重要的分子變異,是靶向治療的理想靶點(diǎn),因此,精準檢測NSCLC中的基因融合以篩選可從相應靶向治療中獲益的患者至關(guān)重要。但由于基因融合的形成機制多樣,檢測平臺眾多,其臨床檢測相對復雜,不同基因在檢測上存在共性和特性,現有相關(guān)指南和共識或僅針對單個(gè)基因的檢測,或針對整個(gè)NSCLC驅動(dòng)基因變異譜的檢測,缺乏針對融合基因、涵蓋其共性和特性的檢測臨床實(shí)踐共識意見(jiàn),故不足以為融合基因的臨床分子檢測提供全面的指導和建議。因此,由具有豐富理論和檢測實(shí)踐經(jīng)驗的臨床與病理專(zhuān)家共同發(fā)起并制定本共識,旨在為NSCLC融合基因的精準檢測提供指導和幫助。
本共識制定計劃已在國際實(shí)踐指南注冊平臺(http://www.guidelines-registry.org/)注冊?;趪鴥韧馀R床實(shí)踐數據并結合我國國情與分子檢測需求,由50位臨床與病理專(zhuān)家通過(guò)共識會(huì )議和線(xiàn)上投票形成推薦意見(jiàn)和推薦等級。本共識共總結了12條檢測相關(guān)意見(jiàn)要點(diǎn),參考推薦等級的評估、制訂和評價(jià)(GRADE)方法,分為“強烈推薦”“推薦”和“無(wú)共識”3個(gè)等級。其中專(zhuān)家組投“非常同意”的票數超過(guò)2/3的意見(jiàn)為“強烈推薦”,專(zhuān)家組投“非常同意”+“基本同意”的票數超過(guò)2/3的意見(jiàn)為“推薦”,否則不達成共識。
基于靶向藥物的可及性,本共識將融合基因分為必檢基因與擴展基因兩類(lèi)。必檢基因包括間變性淋巴瘤激酶(ALK)、c-ros原癌基因1(ROS1)、轉染重排原癌基因(RET)和神經(jīng)營(yíng)養因子受體酪氨酸激酶(NTRK);擴展基因主要包括神經(jīng)調節蛋白(NRG)、成纖維細胞生長(cháng)因子受體(FGFR)、間質(zhì)表皮轉化因子(MET)、表皮生長(cháng)因子受體(EGFR)、人類(lèi)表皮生長(cháng)因子受體2(HER2)和鼠類(lèi)肉瘤濾過(guò)性毒菌致癌同源體B1(BRAF)等(表1)。各融合基因在NSCLC中的發(fā)生頻率差異較大(0.05%~8.00%)。需要特別說(shuō)明的是,作為NSCLC驅動(dòng)基因變異譜的一部分,盡管融合基因檢測方法有其特性,但在臨床實(shí)踐中,檢測策略的優(yōu)化需綜合考慮其他驅動(dòng)基因的檢測。
表1 非小細胞肺癌中主要的融合基因及獲批藥物
一、融合基因檢測的臨床意義、
適用人群及標本類(lèi)型
推薦意見(jiàn)1:推薦病理學(xué)診斷為肺腺癌(包括含腺癌成分)的晚期初治NSCLC患者及靶向藥物治療后耐藥的NSCLC患者進(jìn)行融合基因檢測(強烈推薦);建議經(jīng)活檢組織病理學(xué)診斷為非腺癌的晚期NSCLC患者及術(shù)后明確為浸潤性腺癌的Ⅱ~Ⅲ期NSCLC患者進(jìn)行融合基因檢測(推薦)。
融合基因陽(yáng)性NSCLC患者占所有NSCLC患者的8%~12%。目前已有多種針對不同基因融合的酪氨酸激酶抑制劑(TKI)獲批用于臨床治療(表1),融合基因陽(yáng)性的晚期NSCLC患者可從相應靶向治療中顯著(zhù)獲益。另外,多項研究顯示,受體酪氨酸激酶融合是NSCLC患者接受特定靶向藥物治療后獲得性耐藥的機制之一。因此推薦初治和靶向藥物經(jīng)治后耐藥的晚期NSCLC患者進(jìn)行融合基因檢測,從而為此類(lèi)患者治療策略的制定提供依據。此外,研究顯示,在可手術(shù)切除的NSCLC患者中,與融合基因陰性患者相比,ALK等融合基因陽(yáng)性患者的術(shù)后無(wú)復發(fā)生存時(shí)間較短,提示此類(lèi)患者更應進(jìn)行密切隨訪(fǎng)和術(shù)后積極輔助治療。
推薦意見(jiàn)2:推薦首選腫瘤組織學(xué)標本進(jìn)行融合基因檢測,無(wú)法獲取足夠腫瘤組織學(xué)標本時(shí),可選擇細胞學(xué)標本。在檢測融合基因前,由專(zhuān)業(yè)的病理醫師對組織或細胞學(xué)標本進(jìn)行腫瘤細胞含量評估(強烈推薦);無(wú)法獲取足夠腫瘤組織學(xué)或細胞學(xué)標本時(shí),建議選擇液體活檢作為補充檢測手段(推薦)。
NSCLC患者進(jìn)行融合基因檢測時(shí)應首選腫瘤組織學(xué)標本,無(wú)法獲取足夠組織學(xué)標本時(shí)可選用細胞學(xué)標本,組織學(xué)或細胞學(xué)標本應由專(zhuān)業(yè)的病理醫師進(jìn)行腫瘤細胞含量評估(包括腫瘤細胞比例及數量)。若組織學(xué)和細胞學(xué)標本均不可及或無(wú)法滿(mǎn)足檢測需求,可選用液體活檢標本(血液、漿膜腔積液、腦脊液等的上清液)。但液體活檢用于融合基因檢測具有較高的假陰性率,研究顯示,在初治晚期NSCLC患者中,基于循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)的雜交捕獲二代測序檢測ALK融合的靈敏度僅為64.7%~79.2%。
推薦意見(jiàn)3:應根據送檢標本類(lèi)型、腫瘤細胞含量、標本質(zhì)量、所檢融合基因特點(diǎn)、平臺可及性、檢測周期及費用等因素,合理選擇檢測平臺及方式,必要時(shí)可多平臺互補和驗證(強烈推薦)。
目前常用的融合基因檢測方法包括熒光原位雜交(FISH)、免疫組織化學(xué)(IHC)、即時(shí)熒光定量聚合酶鏈反應(qRT-PCR)和二代測序等。
1. FISH:是通過(guò)熒光標記的探針與細胞核內的DNA靶序列雜交,并在熒光顯微鏡下觀(guān)察分析基因擴增或融合變異的一種分子檢測技術(shù),一般被認為是檢測基因擴增和融合的“金標準”,但也存在一定的局限性。如并非所有檢測到的融合均會(huì )產(chǎn)生可表達的融合RNA,分離探針可能會(huì )遺漏較小的染色體內重排導致假陰性結果,無(wú)法確定和區分不同的融合基因變異亞型等。此外,FISH檢測依賴(lài)人工判讀,對診斷醫師要求較高,且檢測費用高。
2.IHC:是利用抗原抗體反應和化學(xué)顯色原理,檢測組織或細胞學(xué)切片中特定蛋白表達的技術(shù)。IHC檢測靈敏度高、成本低、檢測時(shí)間短、易于自動(dòng)化,但其準確性取決于檢測的融合蛋白是否有經(jīng)過(guò)驗證的抗體,如Ventana-D5F3 IHC檢測肺腺癌患者ALK融合的準確性高,而ROS1和NTRK陽(yáng)性IHC結果尚需其他檢測方法驗證。此外,IHC結果的準確性同樣依賴(lài)病理醫師的判讀。
3.qRT-PCR:可在RNA水平檢測NSCLC中的融合RNA,靈敏度高、檢測時(shí)間短,但僅限于檢測引物設計范圍內的已知融合,無(wú)法檢出未知融合。此外,該方法檢測結果的準確性高度依賴(lài)標本RNA的質(zhì)量。
4.靶向二代測序:可以通過(guò)大規模平行測序的方法,對引物或探針設計范圍內的區域同時(shí)進(jìn)行多個(gè)融合基因檢測。根據核酸投入物的不同,靶向二代測序可在DNA或RNA水平檢測基因融合。
(1)靶向DNA二代測序通過(guò)雜交捕獲建庫,僅使用DNA就可同時(shí)對多個(gè)腫瘤相關(guān)基因的突變、擴增、融合及腫瘤突變負荷(TMB)、微衛星不穩定狀態(tài)進(jìn)行檢測,極大地節約了標本量,并且能夠在DNA水平確定基因融合的斷點(diǎn)位置和融合伴侶,檢出已知和未知的基因融合。若無(wú)法獲得組織學(xué)/細胞學(xué)標本或者標本量不足以進(jìn)行檢測,可以從體液標本中提取ctDNA進(jìn)行二代測序檢測。但是,DNA二代測序檢測基因融合受腫瘤細胞含量、標本DNA質(zhì)量、捕獲探針覆蓋度及DNA層面復雜基因變異等影響,可能會(huì )出現漏檢。另外,隨著(zhù)DNA二代測序在臨床分子檢測中的廣泛應用,越來(lái)越多攜帶罕見(jiàn)伴侶的激酶融合被發(fā)現,但某些罕見(jiàn)融合并不能產(chǎn)生有功能的融合RNA/蛋白。
(2)RNA二代測序可以通過(guò)多重PCR擴增、錨定多重PCR或雜交捕獲建庫在RNA水平檢測融合轉錄本。與DNA二代測序需要對外顯子和內含子區均進(jìn)行探針捕獲相比,RNA測序僅需要針對外顯子區設計引物或探針,相對簡(jiǎn)單、經(jīng)濟,不受DNA層面復雜融合的影響,且RNA二代測序能直接真實(shí)地反映轉錄水平融合的表達情況及融合伴侶基因類(lèi)型。但是,RNA二代測序對RNA的質(zhì)量要求較高,尤其是基于雜交捕獲平臺的RNA二代測序。需要注意的是,二代測序檢測流程相對復雜,試劑平臺眾多,須充分關(guān)注所用平臺技術(shù)參數,尤其是Panel設計的覆蓋范圍和生物信息分析參數,并建立嚴格的質(zhì)量控制體系。
5.其他:全基因組測序可以在DNA層面檢測所有已知和未知融合,但需要大量的起始DNA,且平均覆蓋度較低。全轉錄組測序可以在RNA層面檢出所有已知和未知融合轉錄本,但對RNA的質(zhì)量和總量要求高。由于全基因組測序和全轉錄組測序檢測對標本質(zhì)控要求高,數據分析流程復雜,限制了其在臨床檢測中的廣泛應用。NanoString技術(shù)可基于條形碼探針標記對特定RNA分子進(jìn)行計數和定量,無(wú)需逆轉錄或擴增步驟,因此可用于質(zhì)量不佳的甲醛固定石蠟包埋(FFPE)標本的基因融合檢測。與二代測序相比,NanoString的操作流程耗時(shí)較短,數據分析簡(jiǎn)單,但目前受限于設備及探針試劑的可及性,其在臨床檢測中應用的數據尚少。
推薦意見(jiàn)4:DNA層面檢出的罕見(jiàn)融合伴侶、外顯子斷點(diǎn)融合及基因間融合應在RNA或蛋白水平進(jìn)一步驗證(強烈推薦)。
基因融合主要通過(guò)染色體結構重排形成,常見(jiàn)的染色體重排發(fā)生機制包括倒置、易位、插入、缺失、串聯(lián)重復、染色體碎裂等,從而在DNA層面形成基因融合。根據5′和3′端基因斷點(diǎn)在基因組的位置不同,基因融合可分為基因內融合、基因間融合和混合性融合。
1.基因內融合:又分為內含子斷點(diǎn)融合和外顯子斷點(diǎn)融合,內含子斷點(diǎn)融合是最常見(jiàn)的融合形式,5′和3′端基因的融合斷點(diǎn)均在內含子區,因上下游基因的編碼序列均保留完整,絕大多數內含子斷點(diǎn)融合能夠形成有功能的融合RNA。但仍有少數病例可能會(huì )因5′和3′端基因轉錄方向不同(對向或反向)而無(wú)法形成融合RNA,這些病例的融合伴侶常為罕見(jiàn)基因。因此推薦對DNA二代測序檢出的攜帶罕見(jiàn)伴侶的融合應在RNA或蛋白水平進(jìn)一步明確。外顯子斷點(diǎn)融合:即5′和3′端基因的融合斷點(diǎn)有1個(gè)或2個(gè)位于外顯子區,形成“外顯子-內含子”“內含子-外顯子”或“外顯子-外顯子”形式的融合。研究發(fā)現,在外顯子斷點(diǎn)融合中,約80%可以形成有功能的融合RNA,而約20%可能因開(kāi)放讀碼框架的中斷或5′和3′端基因的轉錄方向不同而無(wú)法形成有功能的融合RNA。因此推薦DNA二代測序檢出的外顯子斷點(diǎn)融合應在RNA或蛋白水平進(jìn)一步明確,尤其是罕見(jiàn)融合伴侶或“外顯子-內含子/外顯子”形式的融合。
2.基因間融合:即5′和3′端基因的融合斷點(diǎn)有1個(gè)或2個(gè)位于基因間非編碼區,形成“基因間-內含子”“內含子-基因間”或“基因間-基因間”形式的融合。研究發(fā)現,在基因間融合中,約80%能夠形成有功能的融合RNA,而約20%可能因缺少轉錄所需啟動(dòng)元件(如啟動(dòng)子、起始密碼子等)等原因無(wú)法形成有功能的融合RNA。因此,基因間融合應在RNA或蛋白水平進(jìn)一步明確。
3.混合性融合:混合性融合的融合斷點(diǎn)位置多樣,包括“基因間-外顯子”“外顯子-基因間”或多個(gè)融合(主要是相互融合,即同時(shí)存在3′融合和5′融合)且各個(gè)融合斷點(diǎn)類(lèi)型不同。如檢出“基因間-外顯子”或“外顯子-基因間”融合,推薦應在RNA或蛋白水平進(jìn)一步明確。
推薦意見(jiàn)5:DNA水平檢測驅動(dòng)基因為陰性的NSCLC患者建議在RNA或蛋白水平進(jìn)一步檢測基因融合,尤其是年輕、女性、不吸煙、TMB低的黏液/實(shí)性肺腺癌患者(推薦)。
基因融合亦可通過(guò)RNA剪接形成,在基因轉錄過(guò)程中,來(lái)自相鄰或不相鄰的2個(gè)基因的外顯子之間可通過(guò)剪接形成融合RNA,此類(lèi)融合變異無(wú)法通過(guò)基于DNA的檢測方法檢出。因此在臨床檢測中,對于DNA水平檢測驅動(dòng)基因為陰性的病例,推薦必要時(shí)可在RNA或蛋白水平進(jìn)一步明確?;跀y帶融合基因變異NSCLC患者的臨床病理特點(diǎn),尤其需關(guān)注年輕、女性、不吸煙且TMB低的黏液/實(shí)性腺癌患者。
推薦意見(jiàn)6:對于必檢融合基因,推薦使用二代測序或qRT-PCR進(jìn)行檢測(強烈推薦),建議使用FISH進(jìn)行檢測(推薦)。
推薦意見(jiàn)7:推薦使用IHC檢測ALK融合(強烈推薦),建議IHC僅用于ROS1和NTRK融合初篩,陽(yáng)性結果需其他平臺驗證(推薦);不建議IHC用于RET融合檢測(推薦)。
1.ALK:ALK融合的變異頻率和常見(jiàn)融合伴侶詳見(jiàn)表1,其融合斷點(diǎn)多位于ALK基因第19號內含子或外顯子,因此保留了ALK的整個(gè)酪氨酸激酶結構域(始于第20號外顯子)。ALK融合已發(fā)現多種融合伴侶,最常見(jiàn)的EML4-ALK融合目前已報道有20多種變體亞型,其中60%以上的EML4-ALK融合亞型為變體1(EML4第13號外顯子與ALK第20號外顯子融合)和變體3(EML4第6號外顯子與ALK第20號外顯子融合),不同EML4-ALK亞型的患者TKI治療的療效可能會(huì )存在差異。ALK融合檢測推薦使用Ventana-D5F3 IHC、FISH、qRT-PCR和二代測序方法。其中,Ventana-D5F3抗體IHC在肺腺癌患者中的靈敏度和特異度高,但該檢測用于低分化癌、神經(jīng)內分泌癌和鱗狀細胞癌時(shí)可能出現非特異性著(zhù)色,疑似陽(yáng)性結果需要通過(guò)其他方法驗證。另外,ALK選擇性轉錄起始(alternative transcription initiation)亦可導致ALK IHC陽(yáng)性表達,且此類(lèi)患者能夠從ALK TKI中獲益,但目前常用的DNA和RNA層面的檢測技術(shù)多無(wú)法準確檢出ALK選擇性轉錄起始,需要經(jīng)過(guò)優(yōu)化的二代測序或NanoString才能明確。
2.ROS1:ROS1融合的變異頻率和常見(jiàn)融合伴侶詳見(jiàn)表1,最常見(jiàn)融合伴侶為CD74和EZR。ROS1融合斷點(diǎn)最常發(fā)生在ROS1基因第30~34號內含子,因此能夠保留ROS1激酶域全長(cháng)(第36~41號外顯子)。ROS1融合推薦使用FISH、qRT-PCR和二代測序檢測,IHC檢測僅用于初篩,陽(yáng)性結果需其他方法驗證。FISH是ROS1融合檢測的“金標準”,但是,對于GOPC-ROS1融合,由于GOPC與ROS1基因均位于第6號染色體,兩者位置接近,當通過(guò)缺失產(chǎn)生GOPC-ROS1融合時(shí),紅綠分離探針信號并不會(huì )發(fā)生改變,因此FISH易漏檢GOPC-ROS1融合。另外,基于DNA和RNA的二代測序均可用于ROS1融合基因檢測,但DNA二代測序檢測ROS1融合易發(fā)生漏檢,其主要原因包括:(1)ROS1融合常見(jiàn)斷點(diǎn)位置的內含子區較大;(2)常見(jiàn)斷點(diǎn)位置鳥(niǎo)嘌呤和胞嘧啶(GC)含量低,導致探針捕獲效率低;(3)常見(jiàn)斷點(diǎn)位置存在高度腺嘌呤和胸腺嘧啶(AT)重復區等多樣性較低的區域,影響后續數據比對分析的準確性。
3.RET:RET融合的變異頻率和常見(jiàn)融合伴侶詳見(jiàn)表1,融合伴侶在NSCLC中以KIF5B最為常見(jiàn)。RET基因最常見(jiàn)的融合斷點(diǎn)位于第11號內含子,因此其3′端保留了酪氨酸激酶域(第12~19號外顯子)。RET融合推薦使用FISH、qRT-PCR和二代測序檢測。IHC檢測RET融合的靈敏度和特異度不高,目前不做推薦。值得注意的是,FISH檢測NCOA4-RET的靈敏度較低,可能與NCOA4和RET兩基因在DNA層面距離過(guò)近有關(guān)。
4.NTRK:NTRK融合常見(jiàn)于特定的惡性腫瘤(如嬰幼兒纖維肉瘤和乳腺分泌性癌),在NSCLC患者中相對少見(jiàn)(<1%)。NTRK基因包括NTRK1、NTRK2和NTRK3(分別編碼TrkA、TrkB和TrkC蛋白)3種亞型,3種NTRK基因高度同源,激酶域均位于第13~18號外顯子區域。NTRK融合斷點(diǎn)多位于第8~13號內含子區域,使其3′端保留了NTRK激酶域。在NSCLC患者中,以NTRK1融合最為常見(jiàn),TPM3是最常見(jiàn)的NTRK1融合伴侶,其他已發(fā)現的NTRK1融合伴侶還包括MPRIP、CD74、SQSTM1等。由于涉及3種NTRK基因和多種潛在融合伴侶,NTRK融合基因的檢測較為復雜。推薦使用FISH、qRT-PCR和二代測序等方法檢測NTRK融合。泛TRK抗體可通過(guò)與3種Trk蛋白C端結構域的共同抗原結合檢測NTRK1、NTRK2和NTRK3融合,適合用于NTRK融合基因的初篩,尤其Ventana pan-TRK抗體篩選NTRK融合具有較高的靈敏度和特異度。但是,由于Trk蛋白在神經(jīng)和平滑肌組織中有生理性表達,在結果判讀時(shí)需注意?;?/span>DNA和RNA的靶向二代測序均可用于NTRK融合基因的檢測,但須注意NTRK2和NTRK3基因存在較大的內含子區,雜交捕獲DNA二代測序在探針設計上很難做到完全覆蓋,目前對其檢測策略多為針對其融合伴侶設計探針進(jìn)行檢測,因此只能檢測常見(jiàn)的NTRK2/3融合,罕見(jiàn)融合可能會(huì )漏檢。
(二)擴展基因的特點(diǎn)
推薦意見(jiàn)8:建議使用二代測序檢測擴展融合基因(推薦)。
1.NRG:NRG1融合在NSCLC患者中罕見(jiàn),其常見(jiàn)融合伴侶詳見(jiàn)表1,最常見(jiàn)的融合伴侶為CD74。NRG1基因有3種亞型(Ⅰ~Ⅲ型),不同亞型在NRG1的5′端存在一個(gè)特異的外顯子。NRG1融合斷點(diǎn)常位于:(1)Ⅰ型外顯子和第2號外顯子間47 kb(千堿基對)的內含子區;(2)Ⅱ型外顯子和第2號外顯子間955 kb的內含子區;(3)第5號和第6號外顯子間包含了Ⅲ型外顯子的區域(111 kb)。NRG1主要通過(guò)與細胞表面的HER3結合發(fā)揮促癌作用,所以針對NRG1融合靶向治療的主要原理為阻止NRG1與HER3結合和破壞HER3/HER2的異二聚化,目前相應的靶向藥物尚在臨床試驗中。NRG2融合更為罕見(jiàn),其特點(diǎn)有待進(jìn)一步研究。FISH、qRT-PCR和IHC檢測NRG1/2融合的靈敏度和特異度尚不明確,鑒于NRG1/2融合的多樣性,以及在NSCLC患者中罕見(jiàn),推薦使用二代測序檢測NRG1/2融合?;?/span>DNA和RNA的靶向二代測序均可用于NRG1/2融合基因的檢測,但與NTRK2/3類(lèi)似,NRG1/2的內含子區域較大,DNA二代測序探針難以完全覆蓋,易造成漏檢。
2.FGFR:FGFR融合主要包括FGFR1、FGFR2、FGFR3和FGFR4融合,融合方式可分為Ⅰ型和Ⅱ型,Ⅰ型融合為3′FGFR融合,融合蛋白中不包含FGFR的細胞外和跨膜結構域,僅包含與5′融合伴侶相連的激酶結構域;Ⅱ型融合為5′FGFR融合,其細胞外、跨膜和激酶結構域保持完整,這兩種類(lèi)型的融合蛋白均有致癌潛力。FGFR融合的變異頻率和常見(jiàn)融合伴侶詳見(jiàn)表1。NSCLC中以Ⅱ型融合為主(占90%以上),融合斷點(diǎn)主要位于第17~19號內含子或外顯子區。鑒于FGFR融合的多樣性和在NSCLC患者中較罕見(jiàn),推薦使用基于DNA或RNA的二代測序進(jìn)行檢測,其他方法檢測尚需更多研究探索。
3.其他:其他激酶融合的發(fā)生率均很低(表1)。其中,MET、HER2、BRAF融合多見(jiàn)于TKI治療后繼發(fā)耐藥的患者。個(gè)例研究報道顯示:(1)MET融合患者能夠從靶向MET的TKI治療中獲益;(2)EGFR融合患者能夠從靶向EGFR的TKI治療中獲益;(3)BRAF融合患者能夠從MEK抑制劑治療中獲益。鑒于這些融合相對罕見(jiàn),推薦使用基于DNA或RNA的二代測序進(jìn)行檢測。
推薦意見(jiàn)9:基于靶點(diǎn)基因變異全面檢測的必要性及平臺的適用性,晚期初治NSCLC患者應通過(guò)二代測序或qRT-PCR進(jìn)行包括融合基因在內的多基因檢測(強烈推薦)。
晚期初治NSCLC患者分子病理檢測的推薦流程如圖1所示。對于可獲取組織學(xué)或細胞學(xué)標本且標本可滿(mǎn)足檢測需求(包括腫瘤細胞比例和數量合適)的晚期初治NSCLC患者,根據實(shí)驗室條件,推薦首選DNA二代測序同時(shí)檢測包括ALK、ROS1、RET、NTRK等在內的多種融合基因,對于檢出的外顯子斷點(diǎn)融合、基因間融合、罕見(jiàn)融合伴侶或驅動(dòng)基因檢測為陰性的,建議通過(guò)RNA二代測序驗證。如果考慮檢測周期的時(shí)限性,且檢測標本充足時(shí),qRT-PCR多基因聯(lián)檢可作為首選檢測方法。鑒于IHC檢測ALK融合的優(yōu)點(diǎn),可同時(shí)進(jìn)行ALK Ventana-D5F3 IHC檢測。如果二代測序不可及、腫瘤細胞數量較少或標本質(zhì)控無(wú)法滿(mǎn)足二代測序要求時(shí),可依據實(shí)驗室平臺的適用性、成本和/或組織標本量,選擇qRT-PCR檢測;如果檢測結果為陰性或判讀模糊,應使用FISH、IHC或考慮使用二代測序方法進(jìn)行驗證。對于無(wú)法獲取組織學(xué)或細胞學(xué)標本或標本中腫瘤細胞比例低的患者,可嘗試通過(guò)液體活檢(血液、漿膜腔積液、腦脊液等)進(jìn)行二代測序檢測,但如果未檢測到基因融合及其他驅動(dòng)基因變異,仍需要進(jìn)行腫瘤組織檢測,以排除假陰性結果的可能。
圖1 晚期初治非小細胞肺癌融合基因檢測臨床推薦路徑
推薦意見(jiàn)10:靶向治療耐藥后再次活檢的患者建議使用二代測序同時(shí)檢測多種基因變異(推薦)。
鑒于不同的受體酪氨酸激酶融合(包括RET、ROS1、ALK、FGFR、NTRK融合)可能是接受特定靶向藥物(如EGFR TKI)的NSCLC患者在治療后發(fā)生獲得性耐藥的重要機制之一,并且融合變異類(lèi)型多樣,因此對于發(fā)生靶向治療耐藥后需要檢測潛在耐藥機制的患者,建議使用高通量方法(如二代測序)檢測包括融合基因在內的基因變異。
推薦意見(jiàn)11:術(shù)后診斷為浸潤性腺癌的Ⅱ~Ⅲ期NSCLC患者建議通過(guò)IHC檢測ALK融合,或通過(guò)qRT-PCR或二代測序進(jìn)行多基因檢測(推薦)。
對于可手術(shù)切除的NSCLC患者,切除標本融合基因檢測結果可為術(shù)后隨訪(fǎng)和治療提供一定參考。出于對成本效益的考慮,術(shù)后診斷為浸潤性腺癌的Ⅱ~Ⅲ期NSCLC患者可通過(guò)IHC篩選融合基因(如采用Ventana-D5F3 IHC檢測ALK融合),或通過(guò)qRT-PCR或二代測序進(jìn)行多基因檢測。
推薦意見(jiàn)12:如果不同檢測平臺的檢測結果不一致,推薦用第3種平臺進(jìn)行驗證(強烈推薦)。
臨床醫師、組織病理醫師和分子病理檢測人員應及時(shí)就分子檢測進(jìn)行必要的溝通,包括檢測前、檢測后和靶向治療耐藥后再次檢測時(shí)。建議可組建分子腫瘤專(zhuān)家委員會(huì ),及時(shí)對疑難病例進(jìn)行溝通交流。不同檢測平臺的檢測結果不一致時(shí),必要時(shí)可用第3種平臺進(jìn)行驗證,確保檢測結果無(wú)異議,才可進(jìn)行相應的靶向治療。
在真實(shí)世界中,融合基因的檢測易受實(shí)驗室條件和患者個(gè)體標本差異等多種因素的影響,可參考本共識中的建議,因地制宜地選擇合適的檢測方式,以期最大限度為患者的精準治療提供幫助。
免責聲明 本文中公布的臨床實(shí)踐共識內容由專(zhuān)家組成員依據現有醫學(xué)證據及臨床實(shí)踐經(jīng)驗共同討論形成,以幫助相關(guān)人員進(jìn)行非小細胞肺癌融合基因的分子病理檢測,其中的內容可能不夠全面或不夠充分。醫學(xué)知識發(fā)展迅速,在本共識產(chǎn)生到發(fā)表期間均可能出現新的證據,而這些可能并沒(méi)有體現在本共識中。另外,因檢測流程復雜、實(shí)驗室條件差異以及患者之間存在個(gè)體差異等影響檢測決策或結果,因此,本共識中內容的采用應結合檢測條件、政策許可以及專(zhuān)業(yè)人員的專(zhuān)業(yè)知識獨立判斷。對本共識內容的使用是自愿的。專(zhuān)家組成員明確否認對文中所提及的任何產(chǎn)品具有商業(yè)性目的。專(zhuān)家組對因使用本共識內容而造成的或與之相關(guān)的任何人身傷害或財產(chǎn)損失,或任何錯誤或遺漏不承擔責任。
共識編寫(xiě)專(zhuān)家組成員
(按單位名稱(chēng)漢語(yǔ)拼音字母順序排列)
北京大學(xué)腫瘤醫院胸部腫瘤內一科(趙軍);
復旦大學(xué)附屬腫瘤醫院病理科(周曉燕);
哈爾濱醫科大學(xué)附屬腫瘤醫院精準醫學(xué)中心(孟宏學(xué)),呼吸內科(于雁);
河南省腫瘤醫院分子病理科(馬杰),腫瘤內科(王慧娟);
華中科技大學(xué)同濟醫學(xué)院附屬協(xié)和醫院腫瘤中心胸部腫瘤科(董曉榮);
南方醫科大學(xué)南方醫院呼吸內科(劉來(lái)昱);
山西省腫瘤醫院病理科(郗彥鳳);
上海市胸科醫院 上海交通大學(xué)醫學(xué)院附屬胸科醫院腫瘤科(陸舜、李子明);
四川大學(xué)華西醫院病理科(唐源);
四川省腫瘤醫院腫瘤內科(李娟);
西安交通大學(xué)第一附屬醫院腫瘤內科(姚煜);
浙江省腫瘤醫院病理科(蘇丹),胸部腫瘤內科(范云);
中國醫學(xué)科學(xué)院 北京協(xié)和醫學(xué)院 北京協(xié)和醫院病理科(梁智勇);
中國醫學(xué)科學(xué)院 北京協(xié)和醫學(xué)院 腫瘤醫院病理科(李衛華、應建明);
中山大學(xué)孫逸仙紀念醫院細胞分子診斷中心(歐陽(yáng)能太)
共識討論及投票參與專(zhuān)家(按單位名稱(chēng)漢語(yǔ)拼音字母順序排列):北京醫院病理科(王征);福建省腫瘤醫院病理科(陳剛),胸部腫瘤內科(林根);復旦大學(xué)附屬中山醫院病理科(紀元);復旦大學(xué)附屬腫瘤醫院胸部腫瘤內科(王佳蕾);廣東省人民醫院病理科(崔倩);廣州醫科大學(xué)附屬腫瘤醫院胸外科(周明);河南省人民醫院病理科(徐紫光),腫瘤中心(倉順東);河南省腫瘤醫院分子病理科(魏冰);湖北省腫瘤醫院病理科(岳君秋);吉林大學(xué)第一醫院病理科(段秀梅);江蘇省人民醫院病理科(張智弘);江蘇省腫瘤醫院腫瘤內科(史美祺);陸軍軍醫大學(xué)大坪醫院病理科(王秋實(shí));南京大學(xué)醫學(xué)院附屬鼓樓醫院腫瘤科(王立峰);山東大學(xué)齊魯醫院腫瘤內科(郝靜);上海交通大學(xué)醫學(xué)院附屬瑞金醫院病理科(董磊);上海市胸科醫院上海交通大學(xué)醫學(xué)院附屬胸科醫院病理科(韓昱晨);首都醫科大學(xué)附屬北京胸科醫院病理科(車(chē)南穎);天津醫科大學(xué)腫瘤醫院肺部腫瘤內科(黃鼎智);新疆醫科大學(xué)第一附屬醫院病理科(崔文麗);右江民族醫學(xué)院附屬醫院病理科(朱曉瑩);浙江大學(xué)醫學(xué)院附屬邵逸夫醫院病理科(胡曉彤);鄭州大學(xué)第一附屬醫院病理科(姜國忠);中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)附屬第一醫院腫瘤科(潘躍銀);中國醫學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫學(xué)院腫瘤醫院內科(王志杰);中國醫學(xué)科學(xué)院腫瘤醫院深圳醫院病理科(黃文亭);中南大學(xué)湘雅醫院病理科(肖德勝);中山大學(xué)附屬腫瘤醫院分子診斷科(王芳)
引用本文:中國抗癌協(xié)會(huì )腫瘤病理專(zhuān)業(yè)委員會(huì ), 中華醫學(xué)會(huì )腫瘤學(xué)分會(huì )肺癌專(zhuān)家委員會(huì ), 國家病理質(zhì)控中心. 非小細胞肺癌融合基因檢測臨床實(shí)踐中國專(zhuān)家共識(2023版)[J]. 中華病理學(xué)雜志, 2023, 52(6): 565-573. DOI: 10.3760/cma.j.cn112151-20221111-00946.